ترتكز منظومة التصرف في الميزانية حسب الأهداف على حوكمة مؤسساتية تهتم بالإشراف وبمتابعة مسار تركيز مختلف مكونات هذه المنظومة.
وتتولى اللجان المكونة لحوكمة منظومة التصرف في الميزانية حسب الأهداف، المصادقة على مختلف المخرجات المنبثقة عن فرق العمل ونتائج الاشغال المندرجة ضمن تطبيق مقتضيات القانون الأساسي للميزانية.
وتتكون الحوكمة المؤسساتية بالأساس من:
- اللجنة الوزارية للتنسيق والمتابعة
- لجنة المتابعة والتقييم التابعة لوزارة المالية
- الوحدة المركزية للتصرف في الميزانية حسب الأهداف
- الوحدات القطاعية للتصرف في الميزانية حسب الأهداف
تجدر الإشارة الى ان حوكمة منظومة التصرف في الميزانية حسب الأهداف قد شهدت خلال السنوات الاخيرة تطورا مكن من الإسراع في تفعيل مجموعة من النصوص التطبيقية للقانون الأساسي للميزانية وكذلك التقدم في بناء تصور للنظام المعلوماتي النهائي.